داستان رزیدنت اویل 3 از یک روز معمولی در ماه سپتامبر آغاز میشود. یک روز معمولی در شهر راکون سیتی. شهری که توسط شرکت آمبِرِلا(Umbrella) کنترل میشد. در شهر کسی جرأت مخالفت با آمبرلا را نداشت و این بزدلی سرانجام موجب نابودی آنها شد. بنظرم این منطقی هست که آنها سزای اعمالشان را دیدند اما هیچ بخشودگیای در کار نبود. اگر آنها کمی جرأت مبارزه داشتند… اما این حقیقت محض است که اگر چرخ عدالت شروع به چرخیدن کند، هیچ چیزی جلودار آن نخواهد بود. هیچ چیز! آن آخرین شانس راکون سیتی بود… و آخرین شانس من، آخرین فرار من…
شروع
هنگام تلاش برای فرار از شهرِ در حال نابودی و پر از زامبی راکون سیتی، جیل ولنتاین تصمیم میگیرد تا راهش را به زور از درون شهر که هرج و مرج به معنای واقعی کلمه در آن موج میزند، باز کند. بعد از تلاش اولش در 27 سپتامبر که چیزی نمانده بود تا خورده شود، او به همراه داریو روسو راهش را به یک انبار باز میکند؛ جایی که آنها قبل از ناامید شدن کامل از آمدن گروه نجات، یک روز کامل صبر کردند. داریو نمیخواهد تا از آنجا خارج بشود و خودش را در یک صندوق زندانی میکند.
جیل به طور اتفاقی به همرزم گروه استارز(S.T.A.R.S) به نام بِرَد ویکرز برمیخورد و او را با وجود اینکه توسط یک زامبی گاز گرفته شده، نجات میدهد. بِرَد به او در مورد یک تهدید ناشناس هشدار میدهد و میگوید که آنها از آنجا زنده خارج نخواهند شد به این دلیل که “آن تهدید ناشناس” به دنبال افراد گروه استارز است و اینکه راه فراری نیست.
جیل به دنبال یک راه خروج از شهر به طرف اداره پلیس حرکت میکند. بِرَد به دنبال او به ادارهی پلیس میآید و به او هشدار میدهد تا فرار کند. سپس بِرَد توسط تهدید ناشناسی که دربارهاش هشدار میداد، یک نِمِسیس از نوع تی(Nemesis-T type) کشته میشود.
یک بازمانده؟
جیل دوبار در مواجهه با این هیولا در اداره پلیس، از دستش فرار میکند و به سمت مرکز شهر رهسپار میشود تا منبع یک پیام اضطراری رادیویی را که از یکی از دفاتر سیستمهای ارتباطی استارز میآید، پیدا کند.
او به کسی که منبع این پیام بود، یک سرباز مزدور به نام کارلوس الیویرا که توسط شرکت آمبرلا به عنوان “سرویس ضد آسیب بیولوژیک” اجیر شده بوده است، بر میخورد.
جیل در ابتدا چون کارلوس برای شرکتی که مقصر به وجود آمدن این وضعیت است کار میکرده، به او اطمینان نمیکند. اما بعد اینکه او، جیل را برای بار دیگر از دست نمسیس نجات میدهد، جیل شروع به اعتماد کردن به او میکند. کارلوس از یک نقشهی فرار که برای روز مبادا و زمانی که ماموریتشان شکست خورده باشد طرح ریزی شده؛ نام میبرد. زمانی که زنگ برج ساعت شروع به نواختن کند، یک هلیکوپتر برای نجات کسانی که در برج هستند، خواهد آمد. برای رسیدن به برج؛ کارلوس، گروهبان نیکولای زینویو و کاپیتان میخاییل ویکتور که زخمی است، در نظر دارند بجای استفاده از جادههای خطرناک بیرون، از یک تراموای استفاده کنند. تراموای خراب هست بنابراین جیل و کارلوس باید قطعات لازم برای تعمیر آن را بدست بیاورند. در حین جستجو برای قطعات، ظاهرا نیکولای گم میشود.
وقتی که جمعآوری قطعات به پایان میرسد، آنها به سمت تراموای حرکت میکنند و توسط نمسیس مورد حمله قرار میگیرند. میخاییل با منفجر کردن یک نارنجک آتشافزا، خودش را فدا و نمسیس را از تراموای به بیرون پرتاب میکند. تراموای تعادل خودش را از دست میدهد ولی خوشبختانه فقط به دیوارهی بیرونی برج برخورد میکند. بعد از حل چندین معما، کارلوس و جیل موفق به صدا در آوردن زنگ برج میشوند. بدبختانه هلیکوپتر نجات بوسیلهی نمسیس سقوط میکند و جیل و کارلوس مجبور به مبارزه با آن میشوند. نمسیس بعد از اینکه خمپارهاندازه ش توسط گلولهی کارلوس مورد اصابت قرار میگیرد، منفجر شده و آتش میگیرد اما در حین مبارزه جیل به ویروس تی آلوده میشود. کارلوس برای امنیت بیشتر او را به کلیسایی درون برج میبرد.
آلودگی
یک هفته بعد از آن ماجرا در تاریخ یکم اکتبر، کارلوس به بیمارستانی در همان حوالی میرود تا راهی برای درمان عفونت جیل پیدا کند. کارلوس به عضوی دیگر از گروه سرویس ضد آسیب بیولوژیک بر میخورد که توسط نیکولای مورد تیراندازی قرار گرفته و متوجه میشود که نیکولای یک خیانتکار است. او سپس برای باز کردن یک گاوصندوق که توسط مواد منفجره تله گذاری شده است، تلاش میکند.
بعد از درست کردن یک واکسن ویروس تی توسط ابزارآلات شرکت آمبرلا، کارلوس به سمت جیل بر میگردد. بیخبر از کارهایی که نیکولای هنگامی که او مشغول ساخت واکسن بوده، انجام داده است؛ او از دیدن این که در سرتاسر بیمارستان مواد منفجره کار گذاشته شده است، تعجب میکند. در انتها او قبل از نابودی ساختمان موفق به فرار میشود.
بعد از اینکه کارلوس واکسن را به جیل تزریق میکند، ویروس داخل بدن جیل به حالت خفته میرود(برخلاف پنداشت جیل که فکر میکند ویروس نابود شده است) و آنها با یکدیگر به سمت یک پارک در همان نزدیکی میروند به امید اینکه راه تازهای برای فرار پیدا کنند. جیل در یک کلبهی کوچک در قبرستان پارک راکون، اتاق مخفیای پیدا میکند که از آن به عنوان مرکز عملیات توسط بالادستیها استفاده میشده است.
جسد یک کارمند که سرش توسط گلوله سوراخ شده است پیدا میشود و نشان میدهد که نیکولای قبلا اینجا بوده است (با این وجود جیل از اینکه او خیانتکار هست، بیخبر است). جیل به یک فایل برمیخورد که به بالادستیها توضیح میدهد شرکت آمبرلا دیگر قادر به خریدن زمان بیشتری نیست و شهر راکون توسط موشک نابود خواهد شد. هنگامی که جیل میخواهد از آنجا خارج شود پیامی از طریق سیستمهای رادیویی میآید که خطاب به کارمند مرده میگوید ماموریت کنسل شده است و همهی کارکنانی که جان سالم به در برده¬اند باید فورا به پایگاه برگردند. در این حین نیکولای خودش را به جیل نشان میدهد و آمادهی کشتن او میشود ولی یک قبرکن در زیر زمین موجب میشود تا نیکولای فرار را بر قرار ترجیح دهد. جیل موفق به کشتن کرم عظیم الجثه میشود و راهی را به یک کارخانه که بعدا معلوم میشود مکانی برای مواد دور ریختنی آمبرلا بوده، پیدا میکند. جیل و کارلوس دوباره به هم ملحق میشوند و میفهمند که راهی برای خروج از شهر وجود دارد: یک باند و هیلکوپتر درون آن.
آخرین فرار
جیل ناآگاهانه به اتاق بازیافت میرود، در آنجا با نمسیس گیر میافتد و برای بدست آوردن کلید درب مجبور به شکست دادن او میشود. با فرار در لحظهی آخر، جسد نمسیس به درون مخزنی پر از اسید میافتد.
با توجه به انتخابهایی که بازیکن تا رسیدن به کارخانه کرده است، هلیکوپتر میتواند به خلبانی کارلوس به پرواز درآید و جیل نیز با او فرار کند یا اینکه نیکولای آن دو را در رسیدن به هلیکوپتر شکست میدهد. اگر نیکولای موفق به دزدیدن هلیکوپتر شود بین او و جیل حرف¬هایی رد و بدل میشود و نیکولای به آنها میگوید که تا دقایقی دیگر، در آتش موشکی که بزودی به آنجا برخورد میکند، خواهند سوخت. بازیکن همچنین این انتخاب را دارد که هلیکوپتر را نابود کند و یا اینکه با نیکولای وارد مذاکره شود. در هر صورت آنها با هلیکوپتر از آنجا خارج نمیشوند.
در هنگام رفتن جیل به سمت باند، راداری که جیل پیدا کرده است به او هشدار برخورد موشک را میدهد و از این زمان، بازیکن پانزده دقیقه وقت دارد تا فرار کند. جیل به سمت باند میرود و برای آخرین بار با نمسیس که از شکستهای قبلی اش حسابی جهش یافته، روبرو میشود و با استفاده از یک تیر بار بزرگ و یک تفنگ مگنوم او را شکست میدهد. جیل و کارلوس هردو به محل فرود میرسند ولی با نزدیکتر شدن طلوع آفتاب، راهی برای فرار به ذهنشان نمیرسد. سپس یک هلیکوپتر دیگر با خلبانی باری بورتون از راه میرسد و آنها را نجات میدهد.
در پایان بازی، سرانجام شهر به تصویر کشیده میشود. دولت آمریکا که از عملیات ناموفق پاکسازی ویروس مطلع میشود، شهر راکون سیتی را توسط یک موشک حرارتی نابود میکند.